Pada tahun 2023, SMP Muhammadiyah Kupang meraih prestasi dengan meraih Juara III dalam Lomba Olimpiade Sains Nasional (OSN) mata pelajaran Matematika se-Kota Kupang. Prestasi ini menunjukkan dedikasi siswa dan guru dalam mempersiapkan diri dan berkompetisi di tingkat kota. Meskipun meraih peringkat ketiga, pencapaian ini tetap menjadi prestasi yang membanggakan bagi SMP Muhammadiyah Kupang.

Kemenangan Juara III ini mencerminkan komitmen sekolah dalam meningkatkan kualitas pembelajaran matematika dan memperkuat kemampuan siswa dalam mata pelajaran ini. Hal ini juga menunjukkan bahwa SMP Muhammadiyah Kupang memiliki program pendidikan yang efektif dalam mempersiapkan siswa untuk berprestasi dalam kompetisi akademik.

Prestasi ini tidak hanya menegaskan reputasi SMP Muhammadiyah Kupang sebagai lembaga pendidikan yang berkualitas, tetapi juga memberikan motivasi kepada siswa untuk terus berusaha dan meningkatkan prestasi di masa mendatang.