Pada tahun 2016, SMP Muhammadiyah Kupang memperoleh prestasi luar biasa dengan meraih Juara I dalam cabang Qori’ah pada Musabaqah Tilawatil Qur’an (MTQ) XXVI tingkat Kota Kupang. Prestasi ini menegaskan komitmen sekolah dalam mendukung pengembangan kemampuan siswa dalam bidang keagamaan dan keislaman.

Prestasi Juara I dalam cabang Qori’ah MTQ XXVI tingkat Kota Kupang menunjukkan bahwa siswa-siswa SMP Muhammadiyah Kupang memiliki kualitas bacaan Al-Qur’an yang tinggi dan kemampuan dalam melafalkan serta memahami ayat-ayat suci Al-Qur’an dengan baik. Hal ini mencerminkan hasil pembinaan dan pembelajaran agama yang efektif di sekolah.

Kemenangan ini tidak hanya membanggakan bagi SMP Muhammadiyah Kupang, tetapi juga memperkuat reputasi sekolah sebagai lembaga pendidikan yang unggul dalam bidang keagamaan. Prestasi ini juga memberikan motivasi bagi siswa-siswa lainnya untuk terus memperdalam pengetahuan agama dan berprestasi dalam kegiatan keagamaan di masa mendatang.